卵巢妊娠诊断比较困难，常与输卵管妊娠，黄体破裂，卵巢囊肿扭转，子宫内膜异位囊肿破裂相混淆，其鉴别要点主要根据病理诊断。
输卵管妊娠是因卵子在输卵管壶腹部受精，受精卵因某些原因在输卵管被阻，而在输卵管的某一部分着床、发育，发生输卵管妊娠。典型病例具有急性腹痛，短期闭经及不规则点滴阴道流血，且多有原发或继发不孕史，检查时患侧输卵管胀大压痛，内出血多时，则出现失血性休克。对诊断仍可疑者，可采用辅助检查方法进行诊断。
黄体破裂是妇科常见的急腹症之一，好发于14~30 岁的年轻女性，因此，有人称之为“青春杀手”.其实，黄体破裂对人的危害因人而异，临床症状及表现也有很大差别。有的可能仅有突然的但很轻微的一侧下腹疼痛，破裂黄体内的毛细血管自行愈合，流出的少量血液也自行吸收，不留任何后遗症。有的则可能发生剧烈难忍的腹痛，为继发黄体内的血管破裂，血液流向腹腔，造成持续性腹痛，严重者可因此发生出血性休克，表现为大汗淋漓、头昏头痛、血压下降、四肢冰冷等，如治疗不及时可危及生命。
卵巢囊肿扭转典型症状是突然发生一侧下腹剧痛，常伴有恶心、呕吐甚至休克。
子宫内膜异位囊肿破裂主要表现为突然发作之持续性下腹剧痛，但没有异常阴道出血。疼痛常从一侧开始，以后扩散至全下腹，其剧裂程度常常超过其他原因引起之妇科急腹症，并往往伴有肌紧张、反跳痛等腹膜刺激征，但出现休克极罕见。
原发性卵巢妊娠的病理诊断标准为：
1.患者输卵管完整。
2.胚囊必须位于卵巢组织内。
3.卵巢与胚囊是以子宫卵巢韧带与子宫相连。
4.胚囊壁上有卵巢组织。胚囊壁上应多处有卵巢组织，且两处卵巢组织之间应有一段距离，在胚胎组织与周围粘连组织之间必须有卵巢组织。
5.显微镜下观察不仅输卵管组织正常，而且又无妊娠证据。
根据以上几点可以与输卵管妊娠破裂或流产后引起的继发性卵巢相区别。