诊断生殖器念珠菌病的临床症状表现多种多样，因而诊断应根据相应临床特点并结合真菌学检查。只有镜检看到大量芽孢子、假菌丝或菌丝时，才能说明该菌处于致病状态。必要时做病理检查。
1.外阴阴道念珠菌病有外阴瘙痒、灼痛，阴道分泌物增多，尿痛、阴道内疼痛或刺激感，和浅表性性交痛。外阴瘙痒是最常见的症状，几乎见于所有有症状患者，轻重不一。典型的阴道分泌物为白色凝乳状或豆渣样，但也可呈水样或均匀黏稠状2.念珠菌性包皮龟头炎包皮及龟头出现弥漫性潮红、干燥光滑，包皮内侧及冠状沟处有红色小丘疹或白色奶酪样斑片，尿道口舟状窝受累时可出现尿频、尿痛。