潜伏期5~14天，双眼患病，多发生于儿童或少年期，轻的沙眼可以完全无自觉症状或仅有轻微的刺痒，异物感和小量分泌物，重者因后遗症和并发症累及角膜，有怕光、流泪、疼痛等刺激症状，自觉视力减退。
沙眼衣原体主要侵犯睑结膜，最后以瘢痕形成而告终，检查时其特征如下：
①睑结膜充血及血管模糊：由于血管扩张，结膜上皮下有弥漫性的淋巴细胞及浆细胞等慢性炎细胞浸润，使透明的结膜变得混浊肥厚，血管轮廓不清，呈一片模糊充血状。
②乳头肥大：睑结膜面粗糙不平，呈现无数的线绒状小点，是由扩张的毛细血管网和上皮增殖而成。
③滤泡增生：是结膜上皮下组织在弥漫性浸润的基础上，由局限的淋巴细胞聚集而成，初发时，上睑结膜出现散在细致的黄白色小点，不突出于结膜表面，夹杂在肥大的乳头之间，为沙眼早期诊断依据之一。
④角膜血管翳：在结膜发生病变的同时，首先角膜上缘的半月形灰白区血管网充血，发生新生血管，伸入透明的角膜上皮与前弹力层之间，各新生血管之间伴有灰白色点状浸润，是角膜上皮对沙眼衣原体的一种组织反应，称为角膜血管翳。它是沙眼早期诊断的依据之一，随病情进展，血管翳成排向瞳孔区悬垂下来，形似垂帘，当上方血管翳向下越过瞳孔区时，角膜其他方向亦都长出血管翳向中央进行，布满整个角膜，细胞浸润严重时，可形成肥厚的肉样血管翳(pannus crassus),严重影响视力。
⑤瘢痕形成：当沙眼进行数年甚至数十年，所有炎性病变如滤泡、乳头，将发生破溃或坏死，而逐渐被结缔组织所代替，形成瘢痕，这标志着病变已进入退行期。
沙眼的病程，因感染轻重和是否反复感染有所不同，轻者或无反复感染者，数月可愈，结膜遗留薄瘢或无明显瘢痕，反复感染者，病程可缠绵数年至数十年之久。
1.症状：多为急性发病，患者有异物感、畏光、流泪，很多黏液或黏液性分泌物，数周后急性症状消退。进入慢性期，此时可无任何不适或仅觉眼易疲劳，如于此时治愈或自愈，可不留瘢痕，但在慢性病程中，于流行地区，常有重复感染。病情加重，角膜上有活动性血管翳时，刺激症状变为显著，视力减退，晚期常因后遗症，如睑内翻、倒睫、角膜溃疡及眼球干燥等，症状更为明显，并严重影响视力，甚至失明。
2.体征
(1)急性沙眼：呈现急性滤泡结膜炎症状，睑红肿，结膜高度充血，因乳头增生睑结膜粗糙不平，上下穹隆部结膜满面滤泡，合并有弥漫性角膜上皮炎及耳前淋巴结肿大，数周后急性炎症消退，转为慢性期。
(2)慢性沙眼：可因反复感染，病程迁延数年至十多年，充血程度虽减轻，但与皮下组织有弥漫性细胞浸润，结膜显污秽肥厚，同时有乳头增生及滤泡形成、滤泡大小不等，可显胶样，病变以上穹窿及睑板上缘结膜显著。同样病变亦见于下睑结膜及下穹窿结膜，严重者甚至可侵及半月皱襞。角膜血管翳：它是由角膜缘外正常的毛细血管网，越过角膜缘进入透明角膜，影响视力，并逐渐向瞳孔区发展，伴有细胞浸润及发展为浅的小溃疡，痊愈后可形成角膜小面，细胞浸润严重时可形成肥厚的肉样血管翳(pannus crassus).
在慢性病程中，结膜的病变逐渐为结缔组织所取代，形成瘢痕，最早出现在上睑结膜的睑板下沟处，呈水平白色条纹，以后逐渐呈网状，待活动性病变完全消退，病变结膜全部成为白色平滑的瘢痕。
沙眼的病程和预后，因感染轻重与是否反复感染有所不同，轻者或无反复感染者，数月可愈，结膜遗留薄瘢或无明显瘢痕，反复感染的重症患者，病程可缠绵数年至十多年。慢性病种中，可由其他细菌感染和重复感染时则常呈急性发作，最后广泛结瘢不再具有传染性，但有严重的并发症和后遗症，常使视力减退，甚至失明。